La acción de España en las Indias fue sin duda mucho mejor que la realizada por otras potencias de la época en el Brasil o en el Norte de América, y que la desarrollada modernamente por los europeos en Africa o en Asia. Sin embargo, hubo en ella innumerables crímenes y abusos. Pues bien, la autocrítica continua que esos excesos provocó en el mundo hispano no tiene tampoco comparación posible en ninguna otra empresa imperial o colonizadora de la historia pasada o del presente. Por eso, al hacer memoria de los hechos de los apóstoles de América, es de justicia que, al menos brevemente, recordemos las innumerables voces que se alzaron en defensa de los indios, y que promovieron eficazmente su bien, evitando muchos males o aliviándolos.
Los Reyes Católicos, cortando en seco ciertas ideas esclavistas de Colón o reprochando acerbamente a Ovando su acción de Xaraguá, van a la cabeza de la más antigua tradición indigenista. De las innumerables denuncias formuladas al Rey o al Consejo de Indias por representantes de la Corona en las Indias, recordaremos como ejemplo aquella carta que Vasco Núñez de Balboa, en 1513, escribe al Rey desde el Darién quejándose del mal trato que los gobernadores Diego de Nicuesa y Alonso de Hojeda daban a los indios, que «les parece ser señores de la tierra… La mayor parte de su perdición ha sido el maltratamiento de la gente, porque creen que desde acá una vez los tienen, que los tienen por esclavos» (Céspedes, Textos n.18). En todo caso, las denuncias sobre abusos en las Indias fueron formuladas sobre todo por los misioneros.