Nació en la ciudad de Lima, Perú, el día 9 de diciembre del año 1579, hijo de Juan de Porres, caballero español de la Orden de Calatrava, y de Ana Velásquez, negra libre panameña.
A Martín lo bautizaron en la Iglesia de San Sebastián, donde años más tarde lo fuera también Santa Rosa de Lima.
Son misteriosos los caminos del Señor. No sería sino un Santo quien lo confirmaría en la fe de sus padres, Santo Toribio de Mogrovejo, primer Arzobispo de Lima, quien hizo descender el Espíritu sobre su moreno corazón, corazón que el Señor fue haciendo manso y humilde como el de su Madre.
A los doce años Martín entró de aprendiz de peluquero y asistente de un dentista. La fama de su santidad empezaba a correr de boca en boca por la ciudad de Lima.
Martín conoció al Fraile Juan de Lorenzana, famoso dominico, teólogo y hombre de virtudes, quien lo invitó a entrar en el Convento de Nuestra Señora del Rosario.
Las leyes de aquel entonces le impedían ser religioso por el color y por la raza, lo que llevó a Martín de Porres a ingresar como donado. Pero, él se entregó a Dios, y su vida estuvo presidida por el servicio, la humildad, la obediencia y un amor sin medida.
San Martín tenía un sueño que Dios le desbarató: "Pasar desapercibido y ser el último". Su anhelo más profundo, fue el de seguir a Jesús. Se le confió la limpieza de la casa, por lo que la escoba se convirtió junto con la cruz, en la gran compañera de su vida.
Sirvió y atendió a todos, pero no fue comprendido por todos. Un día cortaba el pelo a un estudiante. Éste, molesto ante la mejor sonrisa de Fray Martín, no dudó en insultarlo: "¡Perro mulato! ¡Hipócrita!" La respuesta resultó ser una generosa sonrisa.
San Martín llevaba ya dos años en el Convento y hacía seis que no veía a su padre. Éste lo visitó y después de dialogar con el Padre Provincial, el Consejo Conventual decidió que el Santo se conviertiera en hermano cooperador.
El 2 de junio de 1603 se consagró a Dios por su profesión religiosa. El Padre Fernando Aragonés testificó: "Se ejercitaba en la caridad día y noche, curando enfermos, dando limosna a españoles, indios y negros. A todos quería, amaba y curaba con singular amor".
La portería del Convento llegó a ser un reguero de soldados humildes, indios, mulatos, y negros. Él solía repetir: "No hay gusto mayor que dar a los pobres".
Su hermana Juana tenía buena posición social, por lo que en una finca de ella, Martín daba cobijo a enfermos y pobres. Y en su patio acogía a perros, gatos y ratones.
Pronto, la virtud del moreno dejó de ser un secreto. Su servicio como enfermero se extendió, desde sus hermanos dominicos hasta las personas más abandonadas que podía encontrar en la calle.
Su humildad fue probada en el dolor de la injuria, incluso de parte de algunos religiosos dominicos: incomprensión y envidias, camino de contradicciones que fue asemejando al mulato a su Reconciliador.
Los religiosos de la Ciudad Virreinal iban de sorpresa en sorpresa. Esto causó que el Superior le prohíbiera realizar cualquier cosa extraordinaria sin su consentimiento.
Un día, cuando regresaba al Convento, un albañil le gritó al caer del andamio. El Santo le hizo señas y corrió a pedir permiso al Superior. Éste y el interesado, quedaron cautivados por su docilidad.
Cuando vio que se acercaba el momento feliz de ir a gozar de la presencia de Dios, pidió a los religiosos que le rodeaban, que entonaran el Credo. Mientras lo cantaban, entregó su alma a Dios. Era el 3 de noviembre de 1639.
Su muerte causó profunda conmoción en la ciudad. Había sido el hermano y enfermero de todos, singularmente de los más pobres. Se disputaban por conseguir alguna reliquia, y toda la ciudad le dio el último adiós.
Su culto se extendió prodigiosamente. Gregorio XVI lo declaró Beato en 1837. Fue canonizado por Juan XXIII en 1962.
Recordaba el Papa en la homilía de la canonización las devociones en que se había distinguido el nuevo Santo: la profunda humildad que le hacía considerar a todos superiores a él, el celo apostólico y los continuos desvelos por atender a enfermos y necesitados.
Como consecuencia, se le otorgó por parte del pueblo, el hermoso apelativo de "Martín de la caridad". Su fiesta se celebra el 3 de Noviembre.