Siendo muy joven, pidió ser admitido en la Comunidad de los Padres Jesuitas. Durante los estudios del Seminario, brilló por su gran inteligencia y dedicación total a la preparación para el sacerdocio.
Luego de su ordenación, recibió del rey y de muy altas personalidades, la petición de quedarse en Portugal. Sin embargo, el Santo, deseando imitar a San Francisco Javier, pidió y obtuvo ser enviado como misionero a la India. Con 16 compañeros emprendió el larguísimo viaje por mar.
Desde 1673 hasta 1693, trabajó misionando incansablemente en la India. Y fue tanto el entusiasmo con el cual se dedicó a estas actividades, que lo nombraron Superior de las Misiones.
Logró ganarse la simpatía de las distintas clases sociales, y obtuvo notables éxitos espirituales en toda clase de personas.
Los sacerdotes paganos de estas tierras eran muy fanáticos y atacaban sin piedad a San Juan y a sus cristianos. Muchas veces lo enviaron a la cárcel, y le hicieron padecer feroces torturas.
El 4 de febrero de 1693, un gran gentío se reunió para ver la ejecución del Santo misionero, a quien se le acusaba de enseñar doctrinas que no eran las de los sacerdotes de los dioses de ese país.
El gobernador estuvo varias horas demorando la sentencia, porque sentía miedo de ordenar semejante crimen.
Pero, al fin, movido por los fanáticos enemigos del cristianismo, mandó que le cortaran la cabeza.
