Famoso por sus terribles penitencias, nació en 1499 en la comunidad española de Alcántara. Su padre era gobernador de la región y su madre de muy buena familia. Ambos se distinguían por tener una gran piedad y un excelente comportamiento.
Estudiando en la Universidad de Salamanca, el Santo se entusiasmó por la vida de los franciscanos, debido a que los consideraba personas muy desprendidas de lo material y dedicadas a la vida espiritual.
Pidió ser admitido como franciscano, eligiendo para vivir, el Convento donde estaban los religiosos más observantes y estrictos de esa Comunidad.
En el noviciado lo pusieron de portero, hortelano, barrendero y cocinero. Pero, en este último oficio sufría frecuentes regaños por ser bastante distraído.
Llegó a mortificarse tan ásperamente en el comer y el beber, que perdió el sentido del gusto, y así, todos los alimentos le sabían igual. Dormía sobre un duro cuero.
Durante horas y horas oraba de rodillas, y si el cansancio le llegaba, apoyaba la cabeza sobre un clavo en la pared, para de este modo, dormir unos minutos arrodillado.
Pasaba noches enteras en vela, rezando y meditando. Por eso, ha sido elegido Protector de los celadores y guardias nocturnos.
Con el tiempo, fue disminuyendo estas terribles mortificaciones, porque vio que le arruinaban su salud.
Nombrado Superior de varios Conventos, siempre era ejemplo para todos sus súbditos en cuanto al cumplimiento exacto de los reglamentos de la Comunidad.
Pero, el trabajo en el cual más éxitos obtenía, era el de la predicación. Dios le había dado la gracia de conmover a los oyentes, y varias veces bastaba su sola presencia, para que muchos empezaran a dejar su vida llena de vicios y comenzaran una vida virtuosa.
Prefería los auditorios de gente pobre, porque le parecía que ellos eran los que mayor voluntad tenían de convertirse.
Pidió a sus Superiores que lo enviaran al Convento más solitario que tuviera la Comunidad. Lo mandaron al Convento de Lapa en terrenos deshabitados, y allá compuso un hermoso libro acerca de la oración, que fue sumamente estimado por Santa Teresa y San Francisco de Sales. Este texto ha sido traducido a muchos idiomas.
Deseando San Pedro de Alcántara que los religiosos fueran más mortificados y se dedicaran por mayor tiempo a la oración y la meditación, fundó una nueva rama de franciscanos, llamados de "estricta observancia".
El Sumo Pontífice aprobó dicha Congregación, y pronto hubo en muchos sitios Conventos dedicados a conducir por el camino de la santidad a sus religiosos, a través de una vida de gran penitencia.
Los últimos años de su existencia los dedicó a ayudar a Santa Teresa en la fundación de la Comunidad de Hermanas Carmelitas que ella había creado, logrando grandes éxitos en la extensión de esta Comunidad.