Fue una bendición que San Cirilo, hombre de apacible y conciliadora disposición-, haya vivido en el tiempo de una encarnizada controversia religiosa.
De padres cristianos, recibió una excelente educación, sobre todo referente a las Sagradas Escrituras. Fue ordenado sacerdote por el Obispo de Jerusalén, San Máximo. Él apreciaba tanto sus dotes, que le confió la difícil tarea de instruir a los catecúmenos.
San Cirilo fue consagrado legalmente Obispo por los Obispos de su provincia. Y si Arrio Acacio, que era uno de ellos, esperaba poderlo manejar fácilmente, se equivocó por completo. Porque, surgieron varias disputas, principalmente sobre la procedencia y jurisdicción de sus respectivas sedes y asuntos de fe. Y Acacio, para ese entonces, estaba imbuido en la herejía arriana.
Por confabulación de Acacio y sus partidarios, el Santo fue desterrado tres veces a través de fraudulentos concilios que Acacio convocaba con ayuda de algunos monjes e incluso con el apoyo del emperador.
En el año 381, Cirilo y San Gregorio estuvieron presentes en el gran Concilio de Constantinopla, Segundo Concilio Ecuménico. De acuerdo a algunos historiadores, San Cirilo fue fiel defensor de la verdad ortodoxa contra los arrianos en este Concilio, en el cual se llegó a promulgar el Símbolo de Nicea.
Se cree que el Santo falleció a la edad de 70 años en el 386, habiendo sido Obispo durante 35 años.