Alrededor de 1874, el Obispo de Lodi y Monseñor Serrati, invitaron a Francisca a un pequeño Orfanatorio, llamado la Casa de la Providencia, con el fin de ayudarlo. Al encontrarse éste en pésimo estado por causa de los malos manejos, la idea era fundar en aquel lugar una Congregación religiosa.
En 1877 hizo los primeros votos, y al mismo tiempo, el Obispo, nombrándola Superiora, decidió renunciar al proyecto de la Casa de la Providencia. Dijo a Francisca: "Vos deseáis ser misionera. Pues bien; ha llegado el momento de que lo seáis. Yo no conozco ningún instituto misional femenino. ¡Fundadlo vos misma!"
En Codogno había un antiguo Convento franciscano, vacío y olvidado. A él se trasladó la madre Cabrini con sus siete fieles compañeras. En cuanto la comunidad quedó establecida, la Santa se dedicó a redactar las reglas.
El fin principal de las Hermanas Misioneras del Sagrado Corazón, era la educación de las jóvenes. Ese mismo año, el Obispo de Lodi aprobó las constituciones. Dos años más tarde, se inauguró la primera filial en Gruello, a la que siguió pronto la Casa de Milán.
Las constituciones de las Hermanas del Sagrado Corazón fueron finalmente aprobadas en 1907. Para entonces, la Congregación, que había comenzado en 1880 con ocho religiosas, tenía ya un número mayor de mil y se hallaba establecida en ocho países.
A Santa Francisca se le debían en ese momento más de cincuenta fundaciones, entre las que se contaban escuelas gratuitas, escuelas secundarias, hospitales y otras instituciones.
La madre Francisca Javier murió absolutamente sola en el convento de Chicago, el 22 de diciembre de 1917, siendo canonizada en 1946.
Su cuerpo se halla en la Capilla de la "Cabrini Memorial School" de Fort Washington, en el estado de Nueva York.
Resultó ser la primera ciudadana americana, cuya santidad fue públicamente reconocida por la Iglesia mediante la canonización.
