Desde aquel momento de 1586 en que la sevillana María Ramos reparó el viejo oratorio y colgó en el mejor lugar de la capilla la deteriorada pintura de la Virgen del Rosario, tres milagros se han presentado con relación al acto de renovación del inmaculado lienzo sagrado.
No obstante, el acto más prodigioso y sublime ha sido que durante más de 432 años el cuadro se conserve desde ese 26 de diciembre de 1586 cuando se renovó por primera vez. Entonces, la imagen apareció rodeada de vivos resplandores.
Sin explicación alguna los colores y su brillo original reaparecieron mientras que los rasguños y agujeros de la tela habían desaparecido.
En aras de recoger información de los testigos que presenciaron ese instante majestuoso y milagroso, el 10 de enero hace presencia en la población una comisión enviada por el arzobispo de Bogotá, conformada por dos curas y dos notarios.
Respecto al proceso canónico del milagro de Chiquinquirá, existe una copia original que luego fue publicada por el Banco de la República, situación que no ocurre, por ejemplo, con la Virgen de Guadalupe, que es posterior a la segunda renovación del cuadro.
En la víspera de la fiesta de Los Reyes, el 5 de enero de 1989 resplandeció la imagen de la Virgen de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá y así de nuevo se produce el milagro de su resplandor, el cual se hace evidente durante 24 horas seguidas.
La tercera y última vez que el cuadro se iluminó fue el 17 de marzo de 1999, hace 20 años, durante la misa de las 6 de la mañana en la Basílica. “Estaban los sacerdotes que habían oficiado la misa de las 6:00 de la mañana y alguien sale corriendo gritando que la Virgen estaba iluminada. Lamentablemente no hay un registro fotográfico que hubiera podido captar esa imagen. Pero hay un grupo de al menos 40 personas, quienes vieron y testificaron bajo juramento que el cuadro de la Virgen se iluminó y se proyectó hacia delante”, afirmó Fray Carlos Mario Alzate, prior de la Basílica de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá.